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Algumas áreas na APA no passado sofreram corte de árvores para uso da terra para agricultura ou para alimentar os fornos das cerâmicas da região. Em alguns casos estas áreas não recuperaram sua cobertura florestal espontaneamente, e foram ocupadas por espécies invasoras (como algumas espécies de capim) que se disseminam com facilidade em ambientes abertos (com muita luz).
Nestes casos vem sendo feitas ações de recuperação destas áreas degradadas, através – principalmente – do plantio de árvores. O manguezal é um ecossistema muito resiliente, ou seja, com grande capacidade de se recuperar depois de uma perturbação, no entanto, quando a área está ocupada por espécies invasoras, os propágulos das árvores de mangue encontram muita dificuldade para se desenvolverem. Nos casos em que haja impactos sobre o fluxo dos rios (como canalizações), barramentos e aterros que impliquem em alterações nas condições típicas de salinidade, alagamento e qualidade do sedimento, a recuperação da floresta de mangue fica muito difícil, e às vezes não é nem mais possível.
Área de manguezal sendo recuperada