A APA CAIRUÇU está localizada ao sul do Município de Paraty, RJ, tendo uma área continental - que se inicia na margem do rio Mateus Nunes e termina na divisa com SP - englobando ainda 63 ilhas na Baia de Paraty, desde a Ilha do Algodão do norte, em Mambucaba, até a Ilha de Trindade, em Trindade.
O município de Paraty faz fronteira com Angra dos Reis no RJ, e com Ubatuba em SP. A cidade está localizada na BR-101, mais conhecida como rodovia Rio-Santos.
Seguem as distâncias aproximadas entre Paraty e as seguintes cidades de referência: São Paulo - 330km; Ubatuba - 72km; Angra dos Reis - 98km; Rio de Janeiro - 248km.
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