Na Floresta Nacional do Tapajós são desenvolvidas diversas atividades relacionadas com o Manejo Florestal Comunitário, Pesquisa científica, Atividades didáticas, Agricultura Familiar, Assistência Técnica, Eventos comunitários (festival, torneios etc.), Gestão Participativa, Educação e Interpretação Ambiental, Capacitações de moradores, Visitação, Fiscalização, dentre outras. Algumas atividades são desenvolvidas pelos usuários e beneficiários da UC, pelo ICMBio e/ou em parceria com outras instituições.
A Unidade é um sinônimo de produção sustentável. A Portaria Ibama nº 40, de 22 de agosto de 2003, concedeu para as associações intercomunitárias da Flona do Tapajós o direito de implantar, em caráter experimental, Projeto Piloto de Manejo Florestal Comunitário na área destinada ao uso intensivo da UC. As associações intercomunitárias criaram e reconheceram, em 2005, a Cooperativa Mista da Floresta Nacional do Tapajós - COOMFLONA como entidade comercial representativa das comunidades da UC.
Nesse contexto surgiu o Projeto Ambé, que além de gerar benefícios diretos para as comunidades da UC também buscou desenvolver modelos de exploração sob gestão comunitária que possam servir de referência para outras florestas nacionais.
Em relação a pesquisa científica vale registrar que a UC é conhecida como sendo o local que abriga as pesquisas cientificas mais antigas de monitoramento florestal de áreas submetidas à colheita madeireira em clima tropical úmido. Estas pesquisas são coordenadas pela Embrapa que realiza o monitoramento de parcelas permanentes há mais de 30 anos.
Além desse relevante experimento outros estudos/projetos foram e estão sendo realizados na UC, tais como: o Projeto DENDROGENE, coordenado pela EMBRAPA; o Projeto Seca Floresta que foi desenvolvido pelo IPAM; o Projeto LBA que envolveu pesquisadores de diversas instituições nacionais e estrangeiras no monitoramento das mudanças climáticas; e o Projeto PPBio que visa o monitoramento da biodiversidade a longo prazo. Além disso, a UC é um laboratório "a céu aberto" utilizado por diversos grupos de pesquisa e pelas universidades nacionais e estrangeiras.
Atualmente, todas as pesquisas que ocorrem na Unidade são autorizadas por meio do Sistema de Autorização e Informação em Biodiversidade – SISBIO. Para efetuar seu cadastro e conhecer mais o sistema, acesse: http://www.icmbio.gov.br/sisbio/.
Os resultados das pesquisas realizadas na UC são divulgados a cada três anos no Seminário de Pesquisas Científicas. Em 2017 ocorreu o III seminário da Flona do Tapajós e I da Resex Tapajós Arapiuns.
Dentre as diversas atividades realizadas pela população tradicional residente na UC estão a agricultura familiar, a pesca artesanal e o ecoturismo de base comunitária. A Assistência Técnica é realizada em parceria com a Emater, Federação e Coomflona, através de Termo de Reciprocidade.
Os festejos tradicionais ao longo do ano nas comunidades tradicionais e indígenas movimentam a economia de forma Incipiente, contudo, suas ocorrências ajudam a manter vivas as tradições.
A Gestão Participativa é promovida através do Conselho Consultivo e dos demais fóruns de discussões formais e não formais na UC. A Federação, representação política das comunidades, participa ativamente de tomadas de decisão relacionadas com a gestão da UC. Além disso, diversas atividades de Educação Ambiental e capacitações são realizadas pelo ICMBio e parceiros (Semana do Meio Ambiente, Cursos sobre Bom Manejo do Fogo, Orientação a visitantes etc.)
O envolvimento da sociedade na gestão da UC é promovido através do Programa de Voluntariados do ICMBio, que recebe estudantes e profissionais de diversas áreas dispostos a contribuir com a missão institucional do órgão.
O ICMBio realiza, periodicamente, fiscalizações ambientais na UC visando dirimir os crimes ambientais (caça e pesca predatório, furto de madeira, tráfico de animais silvestres e outros). Além disso, a partir de 2016 retomou o controle e monitoramento de abertura de áreas para roçados e do uso do fogo na UC.
