Na área do Parque Nacional de Ubajara não se pode identificar, facilmente, os limites entre as três classes de solo que compõe o planalto da Ibiapaba: Latossolo vermelho-amarelo distrófico; Podzólico vermelho-amarelo eutrófico; e Solos litólicos. Pode se localicar, em certas localidades, manchas ou misturas de mais de um tipo de solo.
As condições edáficas e climáticas exercem uma grande influência sobre a tipologia vegetal e, consequentemente, sobre a fauna ocorrente numa determinada região. A edafologia do Parque Nacional de Ubajara caracteriza-se por três tipos predominantes de solos: latossolo vermelho-amarelo distrófico, podzólico vermelho-amarelo eutrófico e solos litólicos.
Latossolo vermelho-amarelo distrófico – tipo de solo encontrado no platô úmido do Planalto da Ibiapaba.A mata úmida do PNU cresce sobre este tipo de solo.
Podzólico vermelho-amarelo eutrófico – É o solo com horizonte B textural mais comum no Brasil. Ocupa na paisagem, via de regra, as áreas de relevo mais acidentado, com superfícies pouco suaves e área de relevo suave mais jovem (rebaixadas). São ácidos e de fertilidade natural média. Antes da criação do PNU, eram muito utilizados para o cultivo de café e frutíferas, pelos antigos proprietários da área. É comum a presença de grandes e pequenos blocos de rocha arenítica que deslizam das partes mais altas, principalmente durante a estação chuvosa. Ocupa grande parte da "cinta" e da encosta do Parque.
Solos litólicos – são encontrados nas cotas altitudinais mais baixas do Parque. Os solos litólicos do PNU são eutróficos, com fertilidade natural média a alta. Apresentam alta capacidade de troca catiônica, elevada saturação de bases, baixa saturação de alumínio, pouca acidez e ótimos teores de fósforo. Parte da mata seca do Parque desenvolve-se sobre este tipo de solo.
