A REBIO Arvoredo conta com uma sede integrada à sede da ESEC Carijós, situada em Jurerê, na região norte da Ilha de Santa Catarina. Possui 2 caminhonetes com tração 4X4, um veículo de passeio e 3 embarcações infláveis motorizadas, habilitadas para navegação em águas abertas. As embarcações da REBIO ficam guardadas no seco, em uma marina localizada em Ponta das Canas, também na região norte da Ilha de Santa Catarina. O percurso da marina até a área da unidade é de cerca de 15km.
A área da unidade pertence, em sua totalidade, à união e por isso não apresenta problemas de regularização fundiária. As ilhas do Arvoredo, Galé e Calhau de São Pedro estão sob jurisdição da Marinha do Brasil, pois abrigam instalações militares: um farol na Ilha do Arvoredo e pequenos faroletes nas outras duas ilhas. As instalações da Marinha na Ilha do Arvoredo abrigam ainda um casarão antigo, que vem sendo utilizado pelo ICMBio para atividades de proteção e pesquisa na área unidade. Um acordo de cooperação técnica, assinado entre A REBIO Arvoredo e a Marinha do Brasil, regulamenta o uso dessa construção.
Para apoio as atividades de pesquisa, monitoramento e manejo a unidade possui ainda 4 equipamentos completos de mergulho autônomo e 2 compressores de ar para recarga de cilindros.
Atualmente a equipe da REBIO Arvoredo é composta por 5 analistas ambientais, incluindo a chefia da UC, além de uma secretária e uma estagiária.
