Área de Proteção Ambiental de Guapi-Mirim foi criada pelo Decreto 90.225 de 25 de setembro de 1984, resultado de um movimento ambientalista da sociedade civil organizada e da comunidade científica.
Tem como principal objetivo proteger os remanescentes de manguezais situados no recôncavo da Baía de Guanabara e assegurar a permanência e sobrevivência de populações humanas que mantêm uma relação estreita com o ambiente, vivendo dos seus recursos naturais e mantendo ainda características tradicionais no convívio com a natureza.
Situada na porção leste da Baía de Guanabara, abrange parte dos municípios de Magé, Guapimirim, Itaboraí e São Gonçalo.
A Estação Ecológica da Guanabara foi criada pelo Decreto s/n° de 15 de fevereiro de 2006. Possui cerca de 2 mil hectares, abrangendo parte dos municípios de Guapimirim e Itaboraí. É a área mais conservada de toda Baía de Guanabara, apresentando características ecológicas e biológicas compatíveis com os manguezais isentos de intervenção humana e agressiva.
É a última área da Baía de Guanabara a apresentar características cênicas próximas ao período anterior à colonização europeia do País. Constitui um dos últimos trechos de manguezal contínuo de médio porte no estado do Rio de Janeiro.
Abriga espécies ameaçadas de extinção no estado do Rio de Janeiro, como a biguatinga (Anhinga anhinga), a marreca-caneleira (Dendrocygna bicolor), e o jacaré-do-papo-amarelo (Caiman latirostris).
A gestão da APA de Guapi-Mirim e da ESEC da Guanabara é realizada de forma integrada, compartilhando recursos técnicos, materiais e financeiros. Dessa forma, otimizam-se os recursos, e carências de uma parte ou outra podem ser supridas de maneira mais coesa.
