No final daquele século, com a abolição da escravatura, que parou engenhos e fazendas, Paraty e Ubatuba entram em fase de decadência. Outro fator que contribuiu para o isolamento da região foi a construção das estradas de ferro que ligaram Santos a Jundiaí (1867), promovendo o desenvolvimento do eixo Santos - São Paulo, e Rio de Janeiro a São Paulo (1877), que desviou as exportações para o porto do Rio de Janeiro, redirecionando o processo de crescimento da região.
O litoral norte de São Paulo e sul fluminense, sofreram acelerado processo de despovoamento, restando à região as atividades de subsistência, pequena produção de açúcar e aguardente, comércio local e pesca artesanal.
