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Além de coordenar, executar e apoiar projetos de pesquisa, conservação e manejo de mamíferos aquáticos, o CMA participa de fóruns nacionais e internacionais que tratam de questões relativas aos mamíferos aquáticos, como a Rede de Encalhe de Mamíferos Aquáticos do Brasil (REMAB) e a Comissão Internacional da Baleia (CIB), e coordena a Rede de Encalhe de Mamíferos Aquáticos do Brasil (REMAB) e suas redes regionais. O Centro desenvolve, implanta e mantém bancos de dados nacionais e internacionais sobre pesquisas e projetos de conservação e manejo de mamíferos aquáticos, também bem como subsidia tecnicamente a adoção de medidas de conservação e manejo das espécies e auxilia na implementação e criação das Unidades de Conservação federais marinhas, costeiras e da bacia Amazônica.
O CMA coordena a implementação de Planos de Ações de Mamíferos Aquáticos do ICMBio, além de promover cursos, seminários, reuniões técnicas e eventos de divulgação e intercâmbio científico relacionados ao tema.