A Floresta Nacional do Tapajós é representada por um gestor (José Risonei Assis da Silva) e um substituto (Domingos dos Santos Rodrigues). A gestão da unidade envolve os seguintes processos: Administração, Gestão Socioambiental, Manejo Florestal, Regularização Fundiária, Pesquisa, Proteção e Uso Público.
A UC possui uma equipe formada por analistas e técnicos ambientais, técnicos administrativos, estagiários, voluntários (Programa de Voluntariado do ICMBio) e três contratados via Projeto denominado "Motivação e Sucesso na Gestão de Unidades de Conservação Federais Brasileiras – MOSUC, uma parceria com o Ipê e Federação.
