Segundo ROCHA et al. (2003), as restingas costeiras são as áreas com menor acúmulo de informações científicas sobre sua biodiversidade, bem como sobre seu grau de conservação. Apesar disso, a Restinga de Jurubatiba é uma das únicas sobre as quais se tem informações científicas. No entanto, a maior parte desses conhecimentos ainda trata dos aspectos de geomorfologia, de vegetação e de limnologia. O conhecimento da fauna é mais recente e, no Parque, intensificou-se com o início do PELD (Pesquisas Ecológicas de Longa Duração).
O Parque tornou-se, nos últimos anos, uma das mais bem estudadas porções do litoral brasileiro, com a atuação de instituições e centros de pesquisa, como o Núcleo de Pesquisas Ecológicas e Sócio-Ambientais de Macaé (NUPEM/UFRJ) e a Universidade Estadual do Norte Fluminense (UENF).
Na Região Norte Fluminense, as pesquisas em ecologia iniciaram-se na década de 80, pelo Laboratório de Limnologia da Universidade Federal do Rio de Janeiro (SANTOS e BOZELLI,2003). Em 1992, iniciaram-se estudos sistematizados nas lagoas costeiras e na restinga. A partir de 1994, ano de criação do NUPEM, o número de pesquisas científicas nas áreas de restinga aumentou significativamente.
As pesquisas e os estudos sistematizados nas restingas do norte fluminense contribuíram para demonstrar a importância da criação do Parque para a conservação da biodiversidade e o desenvolvimento sustentável na região onde se insere. Além disso, as pesquisas realizadas nas lagoas costeiras do norte fluminense foram de grande importância para viabilizar a proposta de transformação do Parque em um dos sites brasileiros de pesquisa de longa duração (ESTEVES, 1998).
As pesquisas ecológicas de longa duração e de larga escala aumentam o poder explanatório e preditivo da ecologia e podem gerar soluções para problemas práticos de conservação (SCARANO & ESTEVES, 2004), comuns em uma Unidade de Conservação.
As principais instituições de pesquisa atuantes no Parque são sete, sendo que cinco estão localizadas no Rio de Janeiro e duas em São Paulo, a saber:
Universidade Federal Fluminense (UFF);
Universidade Estadual do Norte Fluminense (UENF);
Universidade do Rio de Janeiro (UERJ);
Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ);
Instituto de Pesquisa Jardim Botânico do Rio de Janeiro;
Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP);
Instituto Federal Fluminense (IFF)
Universidade de São Paulo (USP).
Atualmente o Parque está buscando estabelecer convênios ou Termos de Cooperação Técnica com as instituições de pesquisa, para a execução de atividades de pesquisa e monitoramento em parceria.
As pesquisas científicas seguem a legislação pertinente que regulamenta esta atividade, sendo autorizadas via SISBIO.
