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A região do Parque Nacional da Serra da Bocaina é caracterizada por um grande gradiente altitudinal, abrangendo desde áreas situadas no nível do mar (região de Trindade, Paraty), até a parte serrana, com altitudes superiores a 2.000 metros em São José do Barreiro.
Esse gradiente de altitude, determinado por aspectos geomorfológicos, afeta diretamente os atributos físicos (clima, hidrografia) e bióticos (vegetação, flora e fauna) da região, gerando paisagens e ecossitemas diversos.