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O PARNA Bocaina participa desde 2014, do Programa de Monitoramento in situ da biodiversidade em Unidades de Conservação (Projeto PNUD BRA/08/023). O foco do projeto é realizar o monitoramento de grupos bioindicadores de qualidade ambiental, mais especificamente aves cinegéticas (que sofrem pressão de caça), mamíferos e borboletas frugívoras.
Durante as expedições foram encontradas espécies típicas da Mata Atlântica em elevado grau de conservação, como inhambus, iraras, macaco- bugio, pixoxós e macucos. Estes três últimos, ameaçados de extinção nacionalmente.
Além do monitoramento visual, a equipe do Parque instalou câmeras trap no interior da Unidade como forma de complementação do trabalho. Foram flagradas pacas, catetos, jaguatiricas, gatos-do-mato, veados e onças-parda. O elevado e crescente número de espécies ameaçadas registradas ao longo dos monitoramentos, tem demonstrado a importância desta Unidade na proteção da biodiversidade brasileira.
Onça-parda(Puma concolor) registrada com câmera trap Identificação de borboleta frugívora durante monitoramento