O CBC foi criado, em 2017, a partir da remodelagem do antigo CECAT (Centro Nacional de Pesquisa e Conservação do Cerrado e Caatinga). O CECAT havia sido criado pelo ICMBio em 2009, como um dos primeiros a desenvolver expertise voltada à pesquisa e conservação de biomas e seus ecossistemas associados. O CECAT realizava pesquisas científicas e ações de manejo, conservação, recuperação e monitoramento de espécies ameaçadas no Cerrado e Caatinga.
Agora o CBC, além de manter as atividades de pesquisa e manejo voltados para a conservação do Cerrado, coordena também da avaliação do risco de extinção de toda a fauna brasileira.
