A proteção desse mosaico de vegetação possibilita a sobrevivência de diversas espécies da fauna. Somente de aves, são 150 espécies como as marrecas irerê e a pé-vermelha, além da saracura-sanã, jaçanã e do martim-pescador-grande.
Também ocorrem mamíferos como cotia, saguis-de-tufo-preto, tatus, gambás, preás, preguiça-de-três-dedos, cachorro do mato, capivara, lobo-guará (ameaçado de extinção), catetos e várias espécies de morcegos.
