A APA de Cairuçu possui um novo plano de manejo, Portaria nº 533 de 24 de maio de 2018, que estabelece novo zoneamento para o território, com normas gerais e específicas para cada zona.
Consulte o plano de manejo e seu zoneamento - arquivo em .kmz e informações geoespaciais.
Após a publicação do Decreto nº 8.775 de 11 de maio de 2016, iniciou-se o processo de revisão do plano de manejo que vigorava desde 2005. Considerando sua abrangência e importância, optou-se por um processo de revisão participativa, que promoveu a circulação de informação nas diversas localidades no interior da unidade, ocasionando demandas e oportunidades que foram incorporadas ao próprio processo. O resultado é um documento construído coletivamente que espelha a realidade das comunidades habitantes da APA e seus diferentes usos do território. Seu conteúdo foi pactuado entre áreas técnicas, comunidades e setores público e empresarial, de forma a harmonizar essas diferentes demandas e o objetivo de criação da APA de Cairuçu.
O processo de revisão foi conduzido pela equipe da APA e pelo conselho gestor da unidade, que estabeleceu quatro etapas de desenvolvimento: oficinas de diagnóstico participativo, reuniões setoriais com órgãos públicos e empresários, oficinas técnicas e oficinas de planejamento participativo. As três primeiras etapas definiram o contexto e permitiram à equipe caracterizar a situação de todos os envolvidos com o uso do território da APA. A partir delas foi elaborado o planejamento, que sintetizou o cenário presente e estabeleceu os parâmetros para o futuro. Uma equipe do ICMBio foi designada para concluir o documento, discutido intensamente durante uma oficina de planejamento em dezembro de 2017. O resultado desse trabalho foi pactuado e validado pelo conselho gestor e posteriormente aprovado pela direção do Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio).
Oficinas de diagnóstico participativo
As oficinas foram reuniões com a comunidade residente no interior da APA nas próprias localidades. A rodada de semeadura foi 
feita dias antes das reuniões, quando os moradores e lideranças foram sensibilizados e convidados a participar das oficinas. Em cada encontro buscou-se compreender a comunidade e seus anseios. Para isso, foi aplicada a mesma metodologia, que segue três eixos: histórico, geográfico e cultural.
No eixo histórico foi feito um resgate da memória da formação e estabelecimento daquela comunidade, pontuando fatos marcantes. Assim, formou-se uma linha do tempo contando a história do lugar. Em seguida, no eixo geográfico, promoveu-se uma vivência para elaborar o mapa falado da localidade. Sem a necessidade da precisão cartográfica, surgiram nestes mapas desde os diferentes usos que são feitos do solo, as atividades desenvolvidas pelas pessoas e até conflitos. Com isso, configurou-se o contexto geopolítico de cada comunidade.
Finalmente, o eixo cultural buscou relacionar diferentes aspectos, fatos, atividades e práticas que somados simbolizassem a identidade cultural de cada uma. O resultado das oficinas de diagnóstico participativo é um panorama de cada localidade, que caracteriza a comunidade e evidencia as necessidades relacionadas a APA de Cairuçu.
Reuniões setoriais
As reuniões setoriais tiveram como objetivo incorporar as intenções e demandas de diferentes setores que se relacionam com a APA, como órgãos públicos, donos e operadores de empreendimentos nas ilhas, veranistas, marinas e operadores de turismo. Diferentemente das oficinas de diagnóstico, essas reuniões foram encontros direcionados a cada público com o objetivo de contextualizar o uso do território por parte dos diferentes setores e dimensionar suas propostas de uso para o futuro.
Oficinas técnicas
O objetivo das oficinas técnicas foi consolidar o conhecimento produzido por pesquisadores de diferentes universidades no interior da unidade, analisando dados físicos, bióticos, socioambientais e fundiários. Essas informações serviram como base para a atualização desses componentes que já constavam no plano de manejo em revisão.
Oficinas de planejamento
Nessa etapa foram consolidados e incorporados todos os resultados das etapas anteriores, que serviram como base para definição dos programas de gestão, projetos, iniciativas e prioridades que foram posteriomente pactuadas nas diferentes localidades. A metodologia envolveu oficinas de planejamento coordenadas pela equipe de revisão do ICMBio e reuniões com as comunidades, buscando consenso e harmonia entre os interesses dos diferentes públicos. Após a conclusão e redação do documento, o resultado foi apresentado para o conselho gestor da APA em reunião aberta ao público, e em seguida foi aprovado pela direção do instituto em Brasília. A publicação ocorreu no dia 28 de maio de 2018, no DIário Oficial da União, Portaria nº 533, de 24 de maio de 2018.
