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O Centro Nacional de Pesquisa e Conservação da Sociobiodiversidade Associada a Povos e Comunidades Tradicionais (CNPT) passou por reformulação com a publicação da Portaria 78/2009, que criou os Centros Nacionais de Pesquisa e Conservação do Instituto. Cabe aos centros, com a reformulação de seus escopos, produzir por meio de pesquisa cientifica, do ordenamento e da análise técnica de dados o conhecimento necessário à conservação da biodiversidade, do patrimônio espeleológico e da sociobiodiversidade associada a povos e comunidades tradicionais.
Com isso o CNPT deixa de atuar exclusivamente na gestão das Reservas Extrativistas - agenda esta distribuída em vários macroprocessos do Instituto – e passa a ter escopo igualmente amplo. São objetivos do centro a promoção de pesquisa científica em manejo e conservação de ambientes e territórios utilizados por povos e comunidades tradicionais, seus conhecimentos, modos de organização social, e formas de gestão dos recursos naturais, em apoio ao manejo das Unidades de Conservação Federais.
O Centro trabalha com o conceito de povos e comunidades tradicionais como o estabelecido no Decreto nº 6040, que Institui a Política Nacional de Desenvolvimento Sustentável dos Povos e Comunidades que é o de "grupos culturalmente diferenciados e que se reconhecem como tais, que possuem formas próprias de organização social, que ocupam e usam territórios e recursos naturais como condição para sua reprodução cultural, social, religiosa, ancestral e econômica, utilizando conhecimentos, inovações e práticas gerados e transmitidos pela tradição".
O CNPT tem como diretriz possibilitar e incentivar a participação efetiva dos povos e comunidades tradicionais em todas as fases de desenvolvimento e divulgação de pesquisas, e estudo da efetividade das Reservas Extrativistas, RDS e Flonas como espaços territoriais onde os povos são detentores de parte considerável do saber sobre a diversidade biológica reconhecido pela Convenção da Diversidade Biológica (CDB).
O Centro acredita não ser possível se discutir conservação da natureza sem levar em consideração a relação entre povos e comunidades tradicionais e a natureza, na medida em que essas relações sociais estabelecidas influenciam nas tomadas de decisão, usos e manejos que se fazem desses mesmos recursos quer sejam em território protegidos para o uso sustentável quer nos de proteção integral.
O CNPT conta com sua sede em São Luís/MA, e com bases em Rio Branco/AC, Goiânia/GO e Florianópolis/SC. O Centro vem trabalhando para estruturar suas bases e sede, na articulação do seu Conselho Consultivo e já vem apresentando e articulando seus primeiros projetos de pesquisa. Entre eles estão:
O Centro atua, ainda, na organização de uma série de eventos dentro de sua temática de atuação, tal como foi o Festival Nacional de Manguezais que integra o Projeto Manguezais do Brasil (GEF Mangue), além de estar à frente do Plano de Ação Nacional (PAN) Manguezais, que visa a disseminação de informações sobre esse ecossistema. Também atuou na organização do seminário Comunidades Tradicionais: Identidade em Movimento, visando subsídios à discussão sobre usuários e beneficiários de Unidades de Conservação.