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O Parque Nacional de Ubajara apresenta caracterÃsticas Ãmpares para pesquisas, por conter em espaço tão próximo, dois ecossistemas tão diferenciados - mata úmida e mata seca - vale dizer, um ambiente de considerável ocorrência de chuvas e um ambiente semi-árido, a caatinga. Um terceiro ambiente constitui a passagem entre os dois primeiros, a transição entre as matas, úmida e seca, rico em biodiversidade por conter elementos dos outros dois.
Tem como objetivo básico a preservação de ecossistemas naturais de grande relevância ecológica e beleza cênica, possibilitando a realização de pesquisas cientÃficas e o desenvolvimento de atividades de educação e interpretação ambiental, de recreação em contato com a natureza e de turismo ecológico.
Com base nos Objetivos do Sistema Nacional de Unidades de Conservação e nos novos conhecimentos obtidos sobre a área, estão aqui relacionados os objetivos especÃficos de manejo do Parque Nacional de Ubajara, levando em consideração a sua categoria de manejo e as especificidades de sua natureza e caracterÃsticas.