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O CEPENE constitui um dos Centros de Pesquisa do ICMBio dedicados à conservação marinha, ao qual compete, dentre outros, realizar pesquisa, formação e ações de manejo para a conservação, uso sustentável e recuperação das espécies e ecossistemas marinhos e estuarinos no nordeste brasileiro. O CEPENE também atua no desenvolvimento de pesquisa relacionada à criação, implementação e gestão de unidades de conservação federais marinhas do nordeste.
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